朱骏闻言脸色变了变，随即才想到方以智是另有所指，方以智是安庆府桐城县凤仪里人，是桐城地区这一时期主要的世族子弟。曾祖父方学渐，精通医学、理学，并且能学习诸子百家，融会贯通，自成体系，除记录赴东林讲学的《东游记》外，著有《易蠡》、《性善绎》、《桐夷》、《迩训》、《桐川语》等。祖父方大镇在万历年间，曾任大理寺左少卿，著有《易意》、《诗意》、《礼说》、《永思录》、《幽忠录》等数百卷。因方学渐曾受学于泰州学派的耿定理，《明儒学案》把他列入《泰州学案》。外祖父吴应宾，精通释儒，著有《学易全集》、《学庸释论》、《宗一圣论》、《三一斋稿》等。父亲方孔炤，万历四十四年进士，崇祯朝官至湖广巡抚，通医学、地理、军事，并且较早地接触西学，主张研习经世致用的知识，著有《周易时论》、《全边略记》、《尚书世论》等有《全边略记》等著作。《周易时论》被《四库提要》列入存目。
方以智自幼秉承家学，从小由母亲和姑姑一起抚养长大。
成年后，方以智载书泛游江淮吴越间，遍访藏书大家，博览群书，四处交游，结识学友。在他的学友中有西洋传教士毕方济与汤若望，并阅西洋之书，从他们那里，方以智学习了解了西方近代自然科学，他认为：“今天下脊脊多事，海内之人不可不识，四方之势不可不识，山川谣俗，纷乱变故，亦不可不详也。”他曾作诗曰：“繁霜如雪孤南征，莫道能无故国情。斥抱揄方始大笑，牵牛负轭总虚名。凌云久动江湖气，杖剑时成风雨声。海内只今信寥落，龙眠山下有狂生。”表达了自己非凡的政治抱负。为谏议皇帝选贤用能，革除弊端，实行某些改革，曾写了《拟求贤诏》、《拟上求治疏》、《拟上求读书见人疏》等，决心以襄扶明朝中兴为己任。他曾在《书鹿十一传后》中表示要“挹东海之泽、洗天下之垢”。曾与陈贞慧、吴应箕、侯方域等主盟复社，裁量人物，讽议朝局，人称“四公子”，以文章誉望动天下。
方以智的父亲方孔炤任湖广巡抚时被杨嗣昌弹劾下狱，方以智怀血疏讼冤，方孔炤这才得释。一时传为佳话。
崇祯十三年，三十岁的方以智中进士，选为庶吉士，有人向崇祯皇帝推荐方以智，崇祯召对德政殿，方以智“语中机要，上抚几称善”。后在京任工部观政、翰林院检讨、皇子定王和永王的讲官。
四年之后，李自成农民军攻入北京，崇祯皇帝自缢，方以智在崇祯灵前痛哭，被农民军俘获，农民军对他严刑拷打，但他始终不肯投降。不久，李自成兵败山海关，方以智侥幸乘乱南逃，大难不死。当方以智在北京誓死不降农民军之事传入江南时，友人皆把他比拟为文天祥。
方以智辗转奔向南京投奔南明弘光政权，仇敌阮大铖把持南明弘光朝政，不断受到排挤、迫害，于是不得不改名吴石公，流寓岭南、两广一带以卖药为生。不久，南明隆武帝以原官庶吉士相召，方以智不应，取名“三萍”，浪迹于珠江山水间。
随后桂王朱由榔称帝于肇庆，在父亲的朋友瞿式耗的引荐下，方以智参与了拥立永历政权的活动，任左中允，少詹事，翰林院侍讲学士，方以智很快便发觉桂王政权朝不保夕，名不符实，内则门户纷争，奸人当道，外则与广州绍武政权同室操戈，兵戎相见。永历更是胆小如鼠，稍稍闻风鹤即奔走靡常，这一切使方以智心灰意冷，后被人诬劾免职，不得不遁迹于少数民族聚居的湘、桂、粤西一带，过着“曲肱茅屋鸡同宿，举火荒村鬼作邻”的生活。
当清兵大举南下时，他曾联络东南抗清力量抵抗。清兵攻陷广西平乐，方以智被捕，清军在方以智的左边放了一件清军的官服，右边放了一把明晃晃的刀，让方以智选择。方以智毫不犹豫，立即奔到右边，表示宁死不降。满清将领相当欣赏他的气节，于是将他释放。获释后披缁为僧，改名弘智，字无可。
明末五大科学巨匠中，方以智、李时珍、徐光启、徐霞客、宋应星曾被后人并列，其中方以智曾所著的《物理小识》尤为杰出，可算是明末的科学巨著，朱骏也正是因为接触过《物理小识》才记住了方以智，大明光复江南之后，朱骏便派出锦衣卫四处寻访，便是想借助这个堪与牛顿媲美的科学巨匠请来担任一项相当重要的职务。
朱骏知道，方以智之所以说出‘一别经年，皇上已不是从前的那个的皇上’这句话并不是另有所指，早在十年前方以智便是永历皇帝的拥护登基者之一，之后才黯然拂去，如今的朱骏站在方以智面前，自然会说出皇上已不是从前的那个皇上的话来，只是这个皇上只是从前那个贪生怕死的永历，如今在方以智面前是个脱胎换骨、历经图强的中兴君王。
朱骏携着方以智的手，在大批官员的羡慕之下登入衙堂，朱骏坐在上座，从人给方以智搬来锦墩，广东的地方官员只能站在两侧，朱骏开口便问：“方先生的物理小识朕是研读过的，受益良多，如今才知道先生高才，这一次特意请先生来，便是希望先生能够入朝为官，为大明中兴，为天下百姓做些事。”
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