哥斯拉本不愿意错过剧情，然后在等待艾尔希夫人再次进行布局，他并不想在这个世界多耗太多的时间。
在他醒来之后，一边磨合着自身的能力，一边默默的关注着行星哥斯拉的动向。
不过这也没让哥斯拉多等，榊晴生这个男主角也是不负众望的被两万年前的人类后代给救下了，在经过了两万年之后，这些人类早就已经适应了这个地球上的环境，但相应的他们的科技也早就已经被忘了一干二净了。
不过却有一个例外，那就是在两万年前曾经来到地球上的比鲁萨鲁德星人所制造的用来对抗行星哥斯拉的机械哥斯拉。
虽然在还没有启动的时候，就被行星哥斯拉给击毁了，但是这机械哥斯拉却是用纳米技术制造的，在这两万年的时间里不断的增值，如今已经成为了一个钢铁都市。
只不过里面生活的都是一群原始人而已，他们没有技术启动这座城市，但是二十年前乘坐宇宙飞船离开的人却有。
毕竟机械哥斯拉可是他们中的比鲁萨鲁德星人制作出来的，如今只不过是再次利用而已。
他们妄想着凭借机动增值城市来对抗行星哥斯拉，但是男主为了他的原始人妹子，狠心背刺了比鲁萨鲁德人，让其功亏一篑，没能成功的启动机械哥斯拉，而机动增殖城市自然也是被行星哥斯拉给毁灭了。
在外太空的移民飞船上，那些人已经将男主角列为了人类叛徒，但他们却殊不知，这一切都在艾尔希夫人的算计之内。
要不了多久，艾尔希夫人就会趁此良机洗脑剩余的人类，并且利用他们来召唤出噬星者基多拉，然后一同成为噬星者基多拉的祭品。
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