殊荣如此之久的孔氏北宗，第六十五代衍圣公孔胤植被赐毒酒自尽，自其之下的所有男丁族人，全都在几日之内被曲阜城内的官军诛杀殆尽。
北宗女子族人上到七十岁的老太，下到七岁的幼小孩童，全部被充入南北两京教坊司与各大青楼为妓，男孩七岁以下者虽然逃脱死罪，但却规定他们在十五岁的时候，就要被充军戍边，一个不留。
当时奉旨砍头的几名总兵之一，汉阳总兵马进忠后来就曾说起过这件事，说话间，他仍是觉得痛快，还说上战场这么久了，没有一次是光砍头砍到手麻，但是在孔府，他手真的麻了。
相较于对北宗连根斩断的绝情圣旨，南宗实在称得上是“幸福”二字。
孔贞运被封为第一代“大成至圣先师奉祭官”，太子太师，又被封为东阁大学士，位列宰辅，余者自然得到不同等级的荫封。
时人谈迁听到此事时并没有表示意外，正相反，他早就觉得这种事或早或晚，必定会发生。
他还对自己书堂的学生们说，这就好像是宋亡时南北二宗不同选择造成的不同结果，督促学生们莫要学习北宗，要尊奉南宗。
北宗屈服于蒙元，又得到了数百年的荫福，南宗不奉蒙元，结果门可罗雀，地位日衰，一度猥如庶氓，曾经看来，倒像是北宗做对了而南宗错了。
然而在这崇祯朝，对错才真正体现出来。
朝廷以雷霆之势诛灭北宗，但却并没有指明犯了何罪，在这之后，朝廷立即扶正南宗，以衢州支脉为孔氏大宗，则足以发人深思。
说到这里，谈迁还对这种举动流露出深深的赞赏之意，说这看似绝情，却是皇帝不为声名所累，在扶正天下士人风骨，为不可多得的开明之举。
当时正在率大军前往杭州的崇祯皇帝听到厂卫密奏，当即觉得有如知音，下令让人找这个叫谈迁的人来，说是有话要问他。
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